Fondato nel 2006 in Danimarca il nome del birrifico non è altro che l'unione dei cognomi dei due fonadatori: il professore Mikkel Borg Bjergsø ed il giornalista Kristian Klarup Keller.
Famoso per la creatività nella realizzazione delle birre e nella vasta gamma di tipologie proposte, viene spesso definito birrificio "gypsy" per la sua tendenza a produrre in giro per il mondo facendosi ospitare da altri birrifici.
Oggi Mikkeller esporta la sua birra in 40 paesi e vanta la collaborazione con alcuni dei microbirrifici più riconosciuti e innovativi del mondo.